América Latina contiene una diversa gama de comunidades y hábitats de agua dulce que proporcionan diversos beneficios a la sociedad.
La diversidad de especies y ecosistemas dentro del bioma de agua dulce en América Latina es notable. En el ecosistema de la cuenca del Amazonas, por ejemplo, viven 3 mil especies de peces. Los marismas, los lagos y los ríos son ecosistemas relacionados entre sí que abastecen de agua a la región, previenen y regulan las inundaciones, reducen los efectos de la erosión al mantener sedimentos, retienen sustancias nutritivas y eliminan sustancias tóxicas, estabilizan el microclima, sirven de medio de transporte y constituyen excelentes lugares turísticos.
A pesar de su importancia suele considerarse que muchos ecosistemas de agua dulce carecen de utilidad. La ignorancia sobre su importancia ha contribuido a este concepto y ha promovido su destrucción y degradación. Se ha descuidado gravemente la conservación de la diversidad biológica de las aguas dulces y hay ecosistemas enteros amenazados de extinción. La causa primordial de la pérdida de recursos es la alteración del hábitat, impulsada por el rápido crecimiento de la población y tendencias de desarrollo, planificado y no planificado.
La erosión y la deforestación de los bosques de cuencas de captación han alcanzado una enorme intensidad en las laderas orientales de los Andes, desde Colombia hasta el norte de la Argentina. La contaminación procedente de la minería y la industria hacen que los principales recursos hídricos de América Latina estén química y biológicamente contaminados en un grado considerable.